Ponieważ z drobnoustrojami (także chorobotwórczymi) kontaktujemy się bez przerwy, nasz organizm wyposażony jest w system obrony przed nimi. System ten tworzą m.in. skóra, śluzówki, bakteriobójczy lizozym we Izach i w ślinie, a także układ immunologiczny zwalczający (za pomocą wspomnianych już komórek żernych i przeciwciał) drobnoustroje, które przedostały się przez pierwszą barierę (np. przy zranieniu). Rozprzestrzenianiu się zakażenia zapobiegają również węzły chłonne.
Zauważono też, że ponowny kontakt z tym samym mikrobem wywołuje silniejszą odpowiedź organizmu. Za pierwszym razem powstały tzw. komórki pamięci immunologicznej umożliwiające natychmiastową reakcję immunologiczną przy kolejnym zetknięciu się z drobnoustrojem. Ta właściwość naszego organizmu wykorzystywana jest podczas szczepień, dzięki którym świat uwolnił się od tak groźnej choroby, jak np. czarna ospa, a występowanie wielu chorób zostało znacznie ograniczone.
Dzięki sulfonamidom i antybiotykom, niszczącym określone drobnoustroje, można uratować wielu ludzi nawet z bardzo ciężkich zakażeń. Jeżeli jednak chodzi o najpospolitsze infekcje, to zachorowanie zależy w głównej mierze od układu odpornościowego. Są np. drobnoustroje zupełnie nieszkodliwe dla większości ludzi, atakujące tylko bardzo osłabionych (zakażenia oportunistyczne).
